申请劳动仲裁时，工伤认定的时限一般不会停止。不过，也存在一些特殊情况，具体分析如下：
一般情况：工伤认定申请的时限是自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内。除非存在不可抗力或者有其他正当理由，否则超过该时限将导致工伤认定申请不予受理。劳动仲裁的时效为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。在工伤认定过程中，如果当事人正在申请劳动仲裁，一般不会影响工伤认定的时限。
特殊情况：根据《关于执行<工伤保险条例>若干问题的意见》，社会保险行政部门受理工伤认定申请后，如果发现劳动关系存在争议且无法确认，会告知当事人可以向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁。在此期间，作出工伤认定决定的时限会中止，直到劳动关系争议解决后再继续计算。
为了更好地理解这一规定，我举一个例子：假设小张在工作中受伤，他打算申请工伤认定，但同时他与用人单位之间就劳动关系存在争议。在这种情况下，小张可以先申请劳动仲裁来确认劳动关系，而在劳动仲裁期间，工伤认定的时限会中止。待劳动关系确认后，小张再继续进行工伤认定的申请，此时工伤认定的时限会从劳动关系确认之日起继续计算。
综上所述，申请劳动仲裁一般不会导致工伤认定时限的停止，但在劳动关系存在争议且无法确认的情况下，工伤认定决定的时限会中止。如果你在实际操作中遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。