对于“刑事案非法经营到检察院了是否有办法不留案底”的问题，我首先要明确的是，一旦案件进入检察院阶段，通常意味着已经经过了公安机关的侦查，并认为有犯罪事实需要追究刑事责任。在这种情况下，想要不留案底是非常困难的，因为案底是公安机关对犯罪嫌疑人的犯罪记录，一旦形成，很难消除。

不过，我可以从以下几个方面为你提供一些可能的建议和思路：

1. 了解案件具体情况：

   • 首先，你需要详细了解案件的具体情况，包括非法经营的具体行为、涉及的金额、造成的后果等。这有助于你更准确地评估案件的严重性和可能的法律后果。

2. 积极配合调查：

   • 如果你或你的亲友是涉案人员，建议积极配合检察院和公安机关的调查，如实陈述事实，提供有利证据。这有助于展现你的悔过态度和诚意，可能在一定程度上影响案件的最终处理结果。

3. 寻求专业法律帮助：

   • 尽快咨询并委托专业的刑事辩护律师。律师可以为你提供具体的法律建议，帮助你分析案情，制定合适的辩护策略。在某些情况下，律师可能能够通过有效的辩护，争取到较轻的处罚或者不起诉的决定。

4. 考虑和解或赔偿：

   • 如果案件涉及经济赔偿或民事纠纷，你可以考虑与受害方进行和解或赔偿。这有助于减轻案件的严重性和社会影响，也可能对案件的最终处理结果产生积极影响。

5. 关注案件进展：

   • 密切关注案件的进展和检察院的决定。如果检察院认为证据不足或者不符合起诉条件，可能会作出不起诉的决定。此时，你可以及时与律师沟通，了解后续的法律程序和注意事项。

综上所述，虽然想要不留案底在案件已经进入检察院阶段的情况下非常困难，但通过积极配合调查、寻求专业法律帮助、考虑和解或赔偿等方式，你可能能够在一定程度上影响案件的最终处理结果。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。