结论概述：在刑事案件中，若检察院决定不起诉，通常不会留下案底。案底特指经人民法院依法审判并判处有罪后形成的犯罪记录，而不起诉决定意味着行为人未构成犯罪或不应被追究刑事责任，因此不会产生案底。
详细分析：
法定不起诉：
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条，若犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或存在情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪、犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚、依照刑法告诉才处理的犯罪且没有告诉或撤回告诉、犯罪嫌疑人或被告人死亡，以及其他法律规定免予追究刑事责任等情形，人民检察院应当作出不起诉决定。
- 结果：在这些情形下，犯罪嫌疑人从法律层面被认定为无罪，因此不会留下案底。
酌定不起诉：
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条第二款，对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
- 结果：尽管犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，但检察机关综合考虑各种情节后认为无需判处刑罚，因此作出不起诉决定。这种情况下同样不会留下案底，但在某些特定记录中可能会提及此次不起诉的决定。不过，这些记录并不等同于传统意义上的“案底”，且一般不对公众公开，对个人的日常生活和工作影响不大。
证据不足不起诉：
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条第四款，对于二次补充侦查的案件，若人民检察院仍认为证据不足，不符合起诉条件，则应作出不起诉决定。
- 结果：由于现有证据无法证明犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，法律上不能认定其有罪，因此不会留下案底。但若后续发现新证据足以证明其有罪，仍可能提起公诉并留下案底。
特殊情况说明：
- 司法机关内部记录：虽然不起诉通常不会留下案底，但相关记录可能存在于公安机关或检察机关的档案中。这些记录并不等同于案底，且通常不会对个人生活和工作产生直接影响。
- 特定情况下的查询：在某些特殊情况下（如涉及国家安全、重大公共利益等），这些记录可能会被查询或审查。但这并不意味着个人会因此受到不利待遇或歧视。
建议与行动：
- 如果你或你认识的人正在面临这样的问题，且对是否会留下案底有疑虑，建议直接向我咨询，我可以根据具体情况提供更针对性的法律分析和指导。
- 同时，也可以了解相关法律法规，以便更好地维护自己的合法权益。
综上所述，刑事案件中若犯罪嫌疑人未被起诉，则通常不会留下案底。然而，具体情况还需根据案件的性质、情节以及法律规定来判断。在任何情况下，遵守法律法规、维护社会正义都是每个公民应尽的责任。如果你有任何法律问题或疑虑，欢迎直接向我咨询。