认罪认罚后检察院不起诉，通常不会留下案底。以下是对此问题的详细分析：
法律解释
不起诉决定的含义：
- 人民检察院若对于认罪认罚的犯罪分子作出了不起诉决定，意味着在法律程序上，该犯罪分子未被正式起诉至法院，因此不会留下通常意义上的“案底”。
案底的定义：
- “案底”一般指某人过去犯法或犯罪行为的记录，通常与法院的判决相关联。若检察院决定不起诉，则没有法院的判决，因此不会形成案底。
法律依据
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第三百五十五条，对认罪认罚案件，人民法院一般应当对被告人从轻处罚；符合非监禁刑适用条件的，应当适用非监禁刑。这表明，认罪认罚有助于获得更宽大的处理，包括可能的不起诉决定。
特殊情况说明
- 虽然一般情况下认罪认罚后检察院不起诉不会留案底，但值得注意的是，如果后续发现新的证据或情况导致案件重新被审查或起诉，那么最终的处理结果可能会改变，包括可能留下案底。
结论总结
综上所述，认罪认罚后检察院作出不起诉决定，通常意味着在法律程序上该行为未被正式认定为犯罪，因此不会留下案底。但这也取决于后续是否出现新的证据或情况导致案件性质的变化。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。