关于医疗企业虚开增值税专用发票抵扣罪的案例，我可以为您提供两个具体的实例，分别发生在四川省绵阳市和甘肃省。
案例一：四川省绵阳市云亳堂药业有限公司虚开增值税专用发票案
此案件由国家税务总局绵阳市税务局第三稽查局与公安经侦部门联合查处。经查，四川云亳堂药业有限公司被犯罪团伙控制，通过编造虚假的中药材购进业务，支付“开票费”等手段，在没有实际业务交易的情况下，从上游医药行业公司和农业专业合作社取得了1300余份虚开的增值税专用发票和农产品收购发票，并进行违规抵扣。
法律后果方面，四川云亳堂药业有限公司因犯虚开增值税专用发票、用于抵扣税款发票罪，被判处罚金40万元。同时，夏燕、魏云龙、张磊、谢先堂4名参与此案的犯罪分子，也因同样的罪名分别被判处3至11年不等的有期徒刑，并处罚金合计10万元，没收违法所得50万元。对于上游虚开发票的行为，税务部门也已另案处理。
案例二：甘肃省某医疗科技有限责任公司虚开增值税专用发票案
此案件由甘肃省税务局稽查局指导兰州市税务局稽查局联合公安经侦部门依法查处。犯罪团伙控制了某医疗科技有限责任公司，并利用上游互联网平台企业虚构业务，向医药生产企业虚开了3872份品目为信息服务、市场推广费等的增值税专用发票，价税合计金额高达3.53亿元。
此案件已抓获犯罪嫌疑人12人，公安机关已将该案移送检察机关审查起诉。甘肃省税务局稽查局表示，将进一步发挥多部门联合打击机制的作用，对团伙式、跨区域虚开发票等违法犯罪行为保持高压态势。
这两个案例都展示了税务部门与公安等部门联合打击虚开增值税专用发票等税收违法行为的决心和成果。同时，也提醒所有企业，尤其是医疗企业，要严格遵守税收法规，不得进行任何形式的虚开发票行为，否则将面临严重的法律后果。