私吞政府工程款属于违法行为，应当通过法律途径追回应得款项，并可能追究私吞者的法律责任。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析和处理：

一. 明确法律关系与责任

1. 工程款归属问题：政府工程款是支付给承包商的合法报酬，一旦工程款被私吞，就构成了对承包商财产权的侵犯。根据《民法典》的相关规定，受损害方有权请求损害赔偿。
2. 法律责任：私吞政府工程款可能涉及贪污、诈骗等犯罪行为。根据《刑法》的相关规定，贪污数额较大的，可能面临刑事处罚。

二. 采取法律措施

1. 收集证据：首先，要尽可能收集与工程款相关的所有证据，包括但不限于合同、发票、付款记录、银行转账凭证等。这些证据将有助于证明工程款的归属以及私吞行为的存在。
2. 与私吞者协商：在掌握充分证据的基础上，可以尝试与私吞者进行协商，要求其归还工程款。如果协商无果，再考虑采取进一步的法律措施。
3. 提起诉讼：如果私吞者拒绝归还工程款，可以向人民法院提起诉讼，要求法院判决其归还并承担相应的法律责任。在诉讼过程中，要充分利用收集到的证据来支持自己的主张。
4. 报警处理：如果私吞行为涉嫌犯罪，还可以向公安机关报案，由公安机关进行侦查并追究私吞者的刑事责任。

三. 预防与建议

1. 加强合同管理：在签订合同时，要明确工程款的支付方式、时间、金额等关键条款，并确保合同具有法律效力。同时，要妥善保管合同原件，以便在需要时作为证据使用。
2. 建立监督机制：在工程款支付过程中，要建立有效的监督机制，确保工程款能够按时、足额支付给承包商。例如，可以设立专门的账户用于接收和支付工程款，并定期对账户进行审计和核查。
3. 提高法律意识：承包商和相关人员要提高法律意识，了解并遵守相关法律法规。在遇到工程款被私吞等问题时，要及时寻求法律帮助，维护自己的合法权益。

综上所述，私吞政府工程款是违法行为，应当通过法律途径进行处理。在处理过程中，要收集充分的证据来支持自己的主张，并采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。同时，也要加强预防工作，避免类似问题的再次发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。