当主合同和补充协议主体不一致时，通常应优先考虑补充协议中主体的变更是否得到了原合同主体的明确同意，以及该变更是否符合相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：

一. 主体不一致的处理原则

1. 同意与合法性：

   • 如果补充协议中的主体变更得到了原合同主体的明确同意，且该变更不违反法律、行政法规的强制性规定，那么补充协议中的主体变更通常是有效的。此时，应以补充协议中约定的主体为准。
   • 例如，如果主合同是A公司与B公司签订的，但补充协议中B公司将合同权利义务转让给了C公司，并且A公司对此表示同意，那么补充协议中的主体就是A公司和C公司。

2. 未同意或违法：

   • 如果补充协议中的主体变更没有得到原合同主体的明确同意，或者该变更违反了法律、行政法规的强制性规定，那么该变更可能是无效的。在这种情况下，应以原主合同中的主体为准。
   • 例如，如果B公司未经A公司同意，擅自将合同权利义务转让给了C公司，并且这种转让违反了相关法律法规，那么A公司仍然有权依据原主合同向B公司主张权利。

二. 实践建议

1. 明确主体变更条款：

   • 在签订补充协议时，如果涉及主体变更，应明确约定变更后的主体，并确保该变更得到了原合同主体的明确同意。

2. 审慎审查与沟通：

   • 在签订补充协议前，应全面审查主合同与补充协议的每一条款，特别是涉及主体变更的条款，确保其合法性、有效性及一致性。
   • 如果发现主体不一致的情况，应及时通过友好协商解决，必要时可寻求专业法律意见。

3. 法律途径解决争议：

   • 如果无法通过协商达成一致，且主体不一致导致合同无法履行或产生纠纷，可通过诉讼或仲裁等法律手段解决争议。

综上所述，当主合同和补充协议主体不一致时，应首先判断补充协议中的主体变更是否得到了原合同主体的明确同意，以及该变更是否符合相关法律法规的规定。根据具体情况，确定以哪个合同中的主体为准。如有进一步需要，您可以继续咨询我。