两张协议只在一张上签字，一般情况下是无效的。具体分析如下：
一. 协议签字的基本要求
- 签字完整性：根据合同法的基本原理，合同或协议应当双方协商一致，并在合同文本上签字或盖章以表示对合同内容的确认。如果两张协议本应各自签字，却只在其中一张上签字，那么另一张未签字的协议则无法体现双方的合意。
- 证据效力：在发生争议时，签字完整的协议是证明双方权利义务的重要依据。只有一张签字的协议，其证据效力可能会受到质疑，难以作为有效证据使用。
二. 法律后果
- 可能无效：如果两张协议内容相同，但只在其中一张上签字，那么未签字的协议在法律上可能被视为未成立或未生效。这意味着，如果一方以未签字的协议为由主张权利，可能会面临败诉的风险。
- 不利后果：在只签字一张协议的情况下，如果双方对协议内容产生争议，签字方可能会因为证据不足而承担不利后果。
三. 实际案例
- 例如，甲乙双方就某项合作签订了两份协议，但乙方只在其中一份上签字。后来双方因合作事宜发生争议，甲方以乙方未签字的协议为由主张权利。在这种情况下，由于乙方未在该协议上签字，法院可能会认定该协议未成立或未生效，从而导致甲方的主张无法得到支持。
我建议：在签订协议时，双方应当确保在每份协议上都签字或盖章，以确保协议的完整性和有效性。如果因特殊原因只能在其中一张上签字，也应当通过其他方式（如盖章、按手印等）进行确认，并保留好相关证据，以备不时之需。如有进一步需要，您可以继续咨询我。