一式两份协议只签了一份，如果双方当事人都认可，且协议内容不违反法律法规的强制性规定，那么该协议仍然是有效的。以下是详细分析：

一. 协议的有效性

1. 协议成立的要件：根据《民法典》的相关规定，协议的成立需要双方当事人意思表示一致，且协议内容不违反法律法规的强制性规定。只要满足这些条件，协议即可成立并生效。
2. 一式两份的要求：一式两份通常是为了确保双方各持一份，便于日后查阅和履行。但这并不是协议生效的必备条件。即使只签了一份，只要双方当事人都认可，且协议内容合法，那么该协议仍然有效。

二. 实际履行中的考量

1. 证据留存：只签一份协议可能会带来证据留存的问题。如果日后发生纠纷，没有协议原件的一方可能会面临举证困难。因此，从证据保全的角度考虑，建议双方还是各持一份协议为好。
2. 双方认可：如果双方当事人都明确认可只签了一份协议，并且在实际履行中也按照协议内容执行，那么这份协议在法律上仍然是有效的。

三. 特殊情况下的处理

1. 协议内容违法：如果协议内容违反了法律法规的强制性规定，那么无论签了几份，该协议都是无效的。
2. 一方不认可：如果只有一方签署了协议，而另一方并未签署或事后不认可，那么这份协议在双方之间可能无法产生法律效力。

我建议：在实际操作中，为了保障双方权益，最好还是按照一式两份的要求来签署协议。但如果确实只签了一份，并且双方当事人都认可，且协议内容合法，那么这份协议仍然是有效的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。