在环境污染刑事案件中，因果关系的举证责任主要由被告（污染者）承担。以下是对此结论的详细分析：

一. 举证责任分配

1. 被告承担主要举证责任：根据《中华人民共和国民法典》第一千二百三十条的规定，在因污染环境、破坏生态而引发的纠纷中，行为人（即被告）应当就其行为与损害之间不存在因果关系承担举证责任。这一原则在环境污染刑事案件中同样适用，即污染者需要证明其排污行为或破坏生态的行为与损害结果之间没有因果关系。

2. 原告举证责任：虽然被告承担主要举证责任，但原告仍需提供初步证据，证明其受到了环境污染的损害，以及这种损害与被告的排污行为或破坏生态行为之间存在可能的因果关系。例如，原告可以提供现场照片、视频、环保部门的监测报告、医院诊断证明等证据。

二. 举证责任倒置的合理性

• 原告举证困难：环境污染案件往往具有复杂性、潜伏性、持续性和广泛性等特点，原告作为受害者，往往难以直接证明污染行为与损害之间的因果关系。
• 被告信息优势：污染者在生产经营过程中对其活动所产生的环境影响具有更强的控制能力和信息优势，由污染者承担因果关系的举证责任，能够促使其更加谨慎地对待环境问题。
• 平衡双方利益：举证责任倒置有助于实现双方当事人在诉讼中的实质平等，保护受害者的合法权益。

三. 法院的综合判断

在实际操作中，法院会综合考虑各种因素来判断因果关系是否存在，包括但不限于污染行为的性质、程度、持续时间，以及受害人的身体状况、生活环境等。法院的这种综合判断有助于确保案件处理的公正性和合理性。

综上所述，在环境污染刑事案件中，因果关系的举证责任主要由被告（污染者）承担。这是基于环境污染案件的特性和双方当事人的举证能力而做出的合理分配。如有进一步需要，您可以继续咨询我。