违建行政处罚决定书被撤销后，已缴纳的罚款应由行政机关予以退还。以下是对这一问题的详细分析：

一. 法律依据

• 根据《中华人民共和国行政处罚法》第七十五条的规定：“行政机关实施行政处罚应当接受社会监督。公民、法人或者其他组织对行政机关实施行政处罚的行为，有权申诉或者检举；行政机关应当认真审查，发现有错误的，应当主动改正。”这意味着，如果行政处罚存在错误并被撤销，行政机关有义务纠正其错误行为，包括退还已缴纳的罚款。

二. 处理流程

1. 申请退款：

   • 当事人（即受到行政处罚并缴纳罚款的个人或单位）在得知行政处罚被撤销后，应及时向作出处罚决定的行政机关提出退款申请。
   • 申请时，应提供相关的证明材料，如行政处罚决定书、缴纳罚款的凭证等，以证明罚款已经缴纳且行政处罚已被撤销。

2. 审核与决定：

   • 行政机关在收到退款申请后，会对申请材料进行审核。
   • 如果审核通过，确认行政处罚确实已被撤销且罚款已经缴纳，行政机关会作出退还罚款的决定。

3. 执行退款：

   • 行政机关会按照规定的程序和时间节点，将已缴纳的罚款退还给当事人。
   • 退款方式可能因地区和行政机关的不同而有所差异，但通常会通过银行转账等方式进行。

三. 注意事项

• 及时申请：当事人在得知行政处罚被撤销后，应尽快提出退款申请，以免错过退款期限。
• 保留证据：在整个过程中，当事人应妥善保管好相关证据材料，如行政处罚决定书、缴纳罚款的收据等，以备不时之需。
• 法律救济途径：如果行政机关拒绝退还罚款或拖延退款时间，当事人可以通过行政复议、行政诉讼等途径维护自己的合法权益。

综上所述，违建行政处罚决定书被撤销后，当事人有权申请退还已缴纳的罚款，行政机关也有义务按照法定程序予以退还。如有进一步需要，您可以继续咨询我。