在离婚案件中，若夫妻双方有两个男孩，其中一个残疾，法院在判决时会综合考虑孩子的实际情况，尤其是残疾孩子的特殊需求。以下是对此问题的详细分析：

一. 孩子的抚养权考虑因素

1. 残疾孩子的特殊需求：根据《民法典》及相关司法解释，法院在判决抚养权时，会特别考虑残疾孩子的身心健康、生活照顾、教育医疗等特殊需求。残疾孩子可能需要更多的照顾和关注，因此，法院可能会倾向于将残疾孩子判给能够更好满足其特殊需求的一方。

2. 双方的抚养能力和条件：法院还会评估双方的抚养能力、经济条件、生活环境等，以确定哪一方更能为孩子提供稳定、健康的生活环境。这包括考虑双方的收入、住房、工作稳定性以及是否有其他子女等因素。

3. 孩子的意愿：如果孩子已经达到一定年龄，并具备表达能力，法院可能会考虑他们的意愿。特别是残疾孩子，他们的感受和需求更为重要。

二. 抚养费的承担

1. 根据实际需要确定：根据《民法典》规定，离婚后，不直接抚养子女的一方应负担部分或全部抚养费。对于残疾孩子，由于其特殊需求，抚养费可能会相应增加，包括医疗、康复、教育等费用。

2. 双方协商或法院判决：抚养费的数额和支付方式可以由双方协商确定，如果协商不成，由法院根据孩子的实际需要、双方的负担能力和当地的生活水平等因素判决。

三. 建议与总结

• 在这种情况下，我建议双方首先尝试通过协商解决问题，考虑残疾孩子的特殊需求，制定合适的抚养计划。
• 如果协商不成，可以寻求法院的帮助。在法院审理过程中，双方应如实陈述自己的抚养能力和条件，以及孩子的特殊需求。
• 我的观点是，法院在判决时会综合考虑各种因素，尤其是残疾孩子的特殊需求，以确保他们的权益得到最大保障。

如有进一步需要，您可以继续咨询我。