铁路两侧配套用地荒废多年应由铁路用地管理机构负责处理，并可能涉及土地复垦或重新规划利用。以下是具体的处理方式和法律依据：

一. 处理方式

1. 复垦或重新规划利用：

   • 铁路用地管理机构应对荒废的配套用地进行复垦或重新规划利用，以恢复土地的生产能力或提高土地的利用价值。
   • 例如，可以将荒废的土地改造成停车场、绿化带或其他公共设施，以满足周边企业和居民的需求。

2. 加强管理和监督：

   • 铁路用地管理机构应加强对铁路两侧配套用地的管理和监督，防止类似情况再次发生。
   • 应建立健全的巡查机制，及时发现并处理土地荒废问题。

二. 法律依据

1. 《中华人民共和国土地管理法》第七十七条：

   • 未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地。
   • 对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。
   • 对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。
   • 这条规定表明，对于非法占用土地的行为，法律将予以严厉打击，并要求恢复土地原状。

2. 《铁路用地管理办法》相关条款：

   • 铁路用地管理机构负责铁路用地的规划、建设、利用、保护和管理。
   • 对于荒废的配套用地，铁路用地管理机构有责任进行复垦或重新规划利用。
   • 例如，《铁路用地管理办法》第二十六条规定，铁路沿线两侧用地范围内的土地，除按规定留出修建排水系统、造林绿化等用地外，已由承种人耕种的，在铁路未使用前可继续耕种。但当铁路建设需要时，铁路部门有权收回，并支付相应的补偿费用。

三. 我的建议

1. 联系铁路用地管理机构：

   • 我建议首先联系当地的铁路用地管理机构，向其报告荒废的配套用地情况，并咨询具体的处理方式和流程。

2. 提出复垦或重新规划利用的申请：

   • 在了解相关政策和流程后，可以向铁路用地管理机构提出复垦或重新规划利用的申请，并附上详细的计划和方案。

3. 关注处理进展：

   • 在提交申请后，应密切关注处理进展，并积极配合铁路用地管理机构的工作，以确保荒废的配套用地得到有效处理。

4. 如有必要，寻求法律援助：

   • 如果在处理过程中遇到法律问题或纠纷，可以寻求法律援助，以确保自身权益得到保障。

如有进一步需要，您可以继续咨询我。