在职务犯罪中，违纪款是指党员或公职人员因违反党纪、行政纪律而涉及的财物。这些财物并非通过犯罪行为获得，而是由于违反了相关的纪律规定所产生的。具体来说，违纪款可能包括因违规收受礼品、违规使用公款、违规接受服务或其他形式的利益输送而得到的财物。

违纪款的处理方式通常由监察机关根据具体情况来决定。一般来说，如果监察机关认定为违纪款，可能会要求相关人员将违纪款上缴至单位或国库，并可能给予相应的党纪处分，如警告、撤职甚至开除党籍。但重要的是，违纪款的处理并不会直接影响刑事责任。也就是说，即使上交了违纪款，如果涉及职务犯罪，仍然需要接受相应的法律调查和审判。

在处理违纪款时，需要特别注意与违法款和犯罪所得款的区分。违法款是指违反国家法律法规但尚未构成犯罪的款项，而犯罪所得款则是通过犯罪行为直接获得的财物。这三者的性质、处理方式和法律后果都是不同的。因此，在面对相关问题时，务必搞清楚款项的性质，避免交错钱或产生不必要的法律纠纷。

总的来说，违纪款是职务犯罪中一个特定的概念，它指的是因违反党纪、行政纪律而涉及的财物。在处理这类问题时，应遵守相关法律法规和纪律规定，确保处理的公正性和合法性。同时，也需要注意与违法款和犯罪所得款的区分，以维护自身的合法权益。