当合作开发房地产合同被确认无效后，处理方式需根据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，并结合具体情况进行。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：
一、合同无效的法律后果
首先，一旦合同被认定为无效，该合同自始即无法律约束力，双方基于合同而设定的权利义务关系均告消灭。这意味着，双方不再需要履行原合同中的任何条款。
二、财产返还与折价补偿
财产返还：
- 若合作开发中，一方已出资（如资金、土地等），而另一方未提供相应对价或已提供的对价无法与出资方相匹配，出资方有权要求返还其出资。返还方式应优先返还原物，若原物不存在或已被第三人合法取得，则应折价补偿。
- 在合作开发房地产中，如果出资一方的资金已经物化到建筑中，出资方有权要求分配一定的建筑物（如房屋）作为返还的财产。
折价补偿：
- 在不能返还或没有必要返还的情况下，应采用折价补偿的方式。例如，如果建筑已经完工并部分或全部销售，出资方可能无法直接获得建筑物，此时可以通过评估建筑物的市场价值，由未出资或出资较少的一方给予折价补偿。
三、赔偿损失
- 过错责任：如果合同无效是由于一方的过错导致的，该方应赔偿对方因此受到的损失。损失包括直接损失（如财物损毁、费用支出）和间接损失（如商机丧失、预期利润）。
- 在合作开发房地产中，如果合同无效导致出资方无法获得预期的收益，出资方可以要求过错方赔偿其因此遭受的损失。
四、特殊情况处理
- 如果合作开发房地产合同涉及违法犯罪活动，可能会依法没收当事人因该合同取得的财产，上缴国库。
- 对于涉及国家利益、社会公共利益的合同无效案件，除常规处理方式外，还可能采取行政或刑事措施。
五、后续事宜处理建议
- 协商处理：双方应首先尝试通过协商的方式解决后续事宜，包括财产返还、折价补偿、赔偿损失等。
- 法律援助或诉讼：若协商不成，双方可寻求法律援助或通过诉讼等法律途径维护自身合法权益。在处理过程中，建议咨询专业律师以确保合规性和有效性。
综上所述，合作开发房地产合同被确认无效后的处理方式需根据具体情况进行，双方应依据相关法律法规，通过协商、折价补偿、赔偿损失等方式妥善处理后续事宜。