维修单位不能因对方保险公司未付维修费而扣车。下面我将从法律角度详细解释这一结论：

1. 合同相对性原则：

   • 维修单位与车主之间存在维修合同关系，而车主与保险公司之间存在保险合同关系。
   • 根据合同相对性原则，维修单位只能向与其有合同关系的车主主张维修费，而不能直接向保险公司主张。
   • 因此，维修单位不能因保险公司未付维修费而扣留车主的车辆。

2. 物权保护原则：

   • 车辆是车主的合法财产，受物权法保护。
   • 维修单位在未经车主同意的情况下扣留车辆，侵犯了车主的物权。
   • 车主有权要求维修单位返还车辆，并可能追究其侵权责任。

3. 法律程序与救济途径：

   • 如果维修单位认为其权益受到侵害，应通过合法途径解决，如与车主协商、提起诉讼等。
   • 在法律程序中，维修单位可以主张其维修费及相应损失，并由法院依法判决。
   • 但在此之前，维修单位无权擅自扣留车辆。

4. 法院判决的参考：

   • 在类似案例中，法院通常会支持车主的物权主张，要求维修单位返还车辆。
   • 同时，法院也会根据维修合同和保险合同的约定，以及相关法律法规，对维修费和保险赔偿问题作出判决。

综上所述，维修单位不能因对方保险公司未付维修费而扣车。如果维修单位遇到此类问题，建议通过合法途径解决，并咨询专业律师以获取更详细的法律建议。