修车店不可以直接扣车。针对您描述的情况，以下是从不同角度的详细分析：
一、法律角度
物权保护原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物权是权利人依法对特定的物享有直接支配和排他的权利。车辆作为您的财产，其所有权受法律保护，非经法定程序，任何单位或个人不得擅自扣留或处分。
留置权的适用条件：
- 留置权是指债权人按照合同约定占有债务人的动产，债务人不按照合同约定的期限履行债务的，债权人有权依照法律规定留置财产，以该财产折价或者以拍卖、变卖该财产的价款优先受偿。
- 在修车场景中，若修车店与车主之间存在修车合同，且车主未支付修车费用，修车店在符合留置权成立条件（如合同约定、债务到期未履行等）的情况下，可以依法留置车辆。但留置权的行使必须严格遵循法律规定，不能随意扩大解释或滥用。
- 在您描述的情况中，修车费用已由主责司机支付，次责方未付款并不构成修车店对车主车辆行使留置权的合法理由。因为修车店与次责方之间并不存在直接的修车合同关系，且车主（或主责司机）已履行了其应支付的修车费用。
二、实际操作角度
修车店无权扣车：
- 修车店在未经车主同意的情况下，无权擅自扣留车辆。即使存在未支付的修车费用，修车店也应通过合法途径（如协商、诉讼等）来追讨费用，而不是采取扣车等非法手段。
车主的维权途径：
- 若修车店擅自扣车，车主可以要求修车店立即返还车辆，并可以依法向修车店主张因扣车造成的损失（如交通费、误工费等）。
- 若修车店拒绝返还车辆，车主可以向公安机关报案或向人民法院提起诉讼，要求修车店承担侵权责任。
三、建议与提醒
与修车店沟通：
- 建议您首先与修车店进行沟通，明确告知其已支付修车费用，并要求其立即返还车辆。同时，可以要求修车店提供次责方的联系方式或相关证据，以便您向次责方追讨其应承担的费用。
保留证据：
- 在与修车店沟通的过程中，建议您保留好相关证据（如修车发票、付款凭证、沟通记录等），以便在需要时证明自己的权益。
寻求法律帮助：
- 若修车店拒绝返还车辆或您与修车店之间无法达成一致意见，建议您及时咨询专业律师（如我），以便通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，修车店在您已支付修车费用的情况下无权扣车。若遇到此类情况，您应积极与修车店沟通并保留好相关证据，必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。