员工把公司的章子丢了，公司应当立即采取措施防止潜在风险，并依法依规处理相关事宜。

一. 立即采取措施防止风险

1. 报警并声明作废：公司应第一时间向当地公安机关报案，并取得报案证明。同时，在公司官方媒体或指定媒体上发布章子遗失声明，明确章子已遗失并声明作废，以降低潜在的法律风险。

   • 例如，类似于个人身份证丢失后需要在报社登报声明作废，公司章子丢失后也需要通过正式渠道声明其失效。

2. 通知相关合作方：及时通知与公司有业务往来的合作方，告知章子遗失情况，防止不法分子利用遗失的章子进行诈骗或签署不合法文件。

二. 依法依规处理

1. 内部调查与追责：根据《中华人民共和国公司法》及公司内部管理制度，对章子丢失事件进行内部调查，查明原因并追究相关责任人的责任。

   • 例如，若员工因疏忽大意导致章子丢失，公司可根据内部规定对其进行相应处罚。

2. 补办新章子：按照公司注册地的相关规定和流程，申请补办新的公司章子。这通常涉及向工商部门或公安机关提交相关材料，并办理新章子的刻制手续。

3. 完善管理制度：鉴于章子丢失事件，公司应重新审视并完善章子管理制度，确保章子的使用、保管和监管更加严格和规范，防止类似事件再次发生。

我建议：公司在处理章子丢失事件时，应保持冷静并迅速采取行动，以确保公司的合法权益不受侵害。同时，加强内部管理，提高员工对章子重要性的认识，是预防类似事件再次发生的关键。如有进一步需要，您可以继续咨询我。