运输公司职工违规收费将依据相关法律法规及公司内部规定进行处罚。具体分析如下：
一. 违规收费的认定
- 运输公司职工在提供服务或执行职务过程中，若擅自设立收费项目、提高收费标准或收取未经批准的费用，均构成违规收费。
二. 处罚依据与标准
法律依据：
- 根据《收费公路管理条例》等相关法律法规，对于违规收费行为，将视情节轻重给予相应的法律处罚。
公司内部规定：
- 运输公司通常会在其内部管理制度中明确规定职工违规收费的处罚措施，这些措施可能包括但不限于罚款、警告、降职、辞退等。
- 具体处罚标准会依据违规行为的严重程度、对公司造成的经济损失以及职工的个人态度等因素综合考虑。
三. 处罚措施
罚款：
- 对于轻微违规，公司可能会给予罚款处罚，以警示职工并促使其改正错误。
行政处分：
- 若违规行为较为严重，公司可能会给予行政处分，如警告、记过、降职等，以体现对违规行为的严肃处理。
解除劳动合同：
- 对于严重违规或屡教不改的职工，公司有权依据《劳动合同法》及公司内部规定解除劳动合同，以维护公司的合法权益和正常运营秩序。
四. 举报与监督
- 运输公司应鼓励职工之间互相监督，对于发现的违规收费行为，应及时向公司举报。
- 公司应设立有效的举报机制，确保举报渠道畅通，并对举报人给予必要的保护和支持。
我建议：运输公司应加强对职工的教育和培训，提高职工的法制意识和职业道德水平，从源头上预防违规收费行为的发生。同时，公司应建立健全的监管机制，对职工的工作行为进行定期检查和监督，确保各项收费活动的合法性和规范性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。