超限超载的未按指示路线行驶，应当分别就超限超载和未按指示路线行驶的违法行为进行处罚。具体分析如下：

一. 超限超载的处罚

• 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条第二款规定，货运机动车超过核定载质量的，处200元以上500元以下罚款；超过核定载质量百分之三十或者违反规定载客的，处500元以上2000元以下罚款。例如，一辆货车核定载重为30吨，但实际载重为35吨，则属于超限超载，将面临相应的罚款处罚。

二. 未按指示路线行驶的处罚

• 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条规定，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者20元以上200元以下罚款。未按指示路线行驶属于违反道路通行规定的行为，因此也将面临相应的罚款处罚。

综上所述，对于超限超载且未按指示路线行驶的违法行为，交警部门应当分别依据上述法律规定进行处罚。同时，我也建议驾驶员在行驶过程中严格遵守交通法规，确保行车安全，避免不必要的法律风险和损失。如有进一步需要，您可以继续咨询我。