行政单位在建工程长期不转固的后果是严重的，可能导致资产管理混乱、财务信息失真，甚至影响政府投资效益的发挥。具体分析如下：

一. 资产管理混乱

• 在建工程长期不转固，会导致行政事业单位的资产账实不符，即实际已投入使用的资产在账面上并未体现，造成资产管理上的混乱。这种混乱不仅不利于资产的日常管理，还可能引发资产流失的风险。

二. 财务信息失真

• 根据《基本建设财务规则》和《政府会计制度》的相关规定，已交付使用但尚未办理竣工决算手续的固定资产，应当按照估计价值入账。如果行政单位长期不转固，将导致财务信息不能真实反映单位的资产状况，进而影响单位的财务决策和预算管理。

三. 影响政府投资效益的发挥

• 行政单位在建工程通常涉及政府投资，长期不转固意味着这些投资成果未能及时在账面上体现，也就无法准确评估政府投资的效果。这不仅不利于政府投资效益的发挥，还可能影响政府对后续投资项目的决策。

四. 可能面临法律风险和责任追究

• 根据相关法律法规和政策文件，如《关于加强行政事业单位固定资产管理的通知》和《关于加快做好行政事业单位长期已使用在建工程转固工作的通知》，行政单位有义务及时将在建工程转为固定资产。如果长期不转固，行政单位可能面临法律风险和责任追究，包括被审计部门发现并提出整改要求，甚至可能受到相关部门的处罚。

我建议行政单位应高度重视在建工程转固问题，加强资产管理，确保账实相符；同时，加强财务人员培训，熟悉在建工程转固流程和政策，确保及时、准确地在账面上反映政府投资成果。如有进一步需要，您可以继续咨询我。