如果当事人有合理理由申请鉴定且法院未进行鉴定，案件有可能会被发回重审。具体分析如下：

一. 工程质量鉴定的重要性与影响

• 工程质量是否合格、是否需要进行修复以及修复费用的确定，这些均属于专业问题。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第七十六条第一款的规定，当事人对此有权向法院申请鉴定。
• 如果法院未准许工程质量鉴定，这不仅可能影响当事人的实体权利，还可能剥夺当事人的举证权利，进而影响当事人的程序利益。

二. 最高法裁判观点的明确指示

• 最高法的裁判观点明确指出，当事人有合理理由申请鉴定，法院未进行鉴定的，将会发回重审。这一观点在(2019)最高法民终1863号案件中得到了体现。
• 在该案中，联合利丰公司申请依据施工图纸对已完成工程进行工程质量鉴定并计算费用，但一审法院未准许。最高法认为一审未准许工程质量鉴定存在问题，因此裁定发回重审。

三. 实际案例的佐证

• 以(2019)最高法民终1863号案件为例，该案中因为一审法院未准许联合利丰公司的鉴定申请，导致案件被最高法发回重审。这说明，在当事人有合理理由申请鉴定且法院未进行鉴定的情况下，案件确实存在被发回重审的风险。

综上所述，如果当事人有合理理由申请工程司法鉴定且法院未进行鉴定，那么案件有可能会被发回重审。因此，在涉及工程质量的案件中，当事人应充分行使自己的权利，及时申请鉴定，以确保案件的公正审理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。