两个人的户口分开了又没有结婚证，不算合法夫妻。以下是对这一问题的详细分析：

一. 户口分开不影响婚姻关系的合法性

• 户口分开是合法的：根据《中华人民共和国户口登记条例》第十九条，公民因结婚、离婚、收养、认领、分户、并户、失踪、寻回或者其他事由引起户口变动的时候，由户主或者本人向户口登记机关申报变更登记。因此，夫妻双方的户口分开，是合法的行为。
• 户口分开不改变婚姻关系：户口的迁移或分开并不会改变已经存在的婚姻关系。也就是说，即使夫妻双方的户口不在一起，只要他们已经领取了结婚证，就依然是法律上的合法夫妻。

二. 结婚证是证明婚姻关系的关键

• 结婚证的法律效力：结婚证是婚姻登记管理机关签发的证明婚姻关系有效成立的法律文书。根据《中华人民共和国民法典》第一千零四十九条，要求结婚的男女双方应当亲自到婚姻登记机关申请结婚登记。完成登记后，即确立婚姻关系。
• 没有结婚证的情况：如果双方未办理结婚登记，即没有到婚姻登记机关进行申请并领取结婚证，那么双方不被视为合法夫妻。这种情况下，双方之间的关系不受婚姻法的保护，也无法享受到婚姻法规定的各项权益。

三. 户口分开且无结婚证的情况

• 户口分开且无结婚证：在这种情况下，由于双方没有结婚证，且户口的分开并不构成婚姻关系的成立或改变，因此他们不被视为合法夫妻。
• 建议补办结婚证：如果双方希望确立合法的婚姻关系，应当及时前往婚姻登记机关办理结婚登记手续，以保障双方及子女的合法权益。

综上所述，户口分开并不影响婚姻关系的合法性，但结婚证是证明婚姻关系的关键。在没有结婚证的情况下，无论户口是否分开，双方都不被视为合法夫妻。因此，我建议双方尽快前往婚姻登记机关办理结婚登记手续，以确立合法的婚姻关系。如有进一步需要，您可以继续咨询我。