质疑供应商拒收回复函，应首先确认回复函的发送是否在法定期限内，且内容合法合规。若均符合，则供应商拒收不影响回复函的法律效力，可视为其放弃权利；若不符合，则需重新发送或采取其他措施。具体分析如下：

一. 确认回复函的合法性和有效性

1. 发送时间：根据《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号）的规定，代理机构只要在有效期内以书面形式进行答复就是合法有效的。因此，需首先确认回复函的发送是否在法定期限内。
2. 内容合规：回复函的内容应合法、合规、有效，针对供应商的质疑进行明确、具体的答复。

二. 供应商拒收的法律后果

1. 不影响法律效力：若回复函的发送时间和内容均符合规定，则供应商拒收回复函不影响其法律效力。此时，可视为供应商放弃了对该质疑的进一步权利。
2. 视为放弃权利：供应商拒收回复函，可视为其未对回复函提出异议，从而默认接受回复函的内容。

三. 后续处理建议

1. 记录并备案：代理机构应将发送回复函的时间、内容以及供应商拒收的情况进行详细记录，并备案保存，以备后续可能的争议或投诉。
2. 沟通协商：尽管供应商拒收回复函，但代理机构仍可尝试通过其他方式与供应商进行沟通，了解其拒收的原因，并尝试解决其质疑。
3. 准备应对投诉：若供应商后续提出投诉，代理机构应根据已发送的回复函和记录，准备相应的证据和材料，以应对投诉处理。

综上所述，质疑供应商拒收回复函时，代理机构应首先确认回复函的合法性和有效性。若符合规定，则供应商拒收不影响其法律效力；若不符合，则需重新发送或采取其他措施。同时，代理机构应做好记录备案和沟通协商工作，准备应对可能的投诉。如有进一步需要，您可以继续咨询我。