当公司实际经营地址和注册地址不一致时，劳动者仍可以申请劳动仲裁，且仲裁权利不受影响。以下是详细分析：
一. 劳动仲裁管辖原则
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议的管辖主要依据劳动合同履行地或用人单位所在地来确定。具体原则如下：
劳动合同履行地优先：劳动合同履行地即劳动者实际工作场所地。若劳动者在劳动合同履行地和用人单位所在地均申请了仲裁，优先由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖。若劳动合同履行地明确且长期固定，劳动者应优先选择此地的仲裁委进行申请。
用人单位所在地管辖：用人单位所在地通常指注册地或登记地。若注册地与主要办事机构所在地不一致，以主要办事机构所在地为准。若公司实际经营地长期固定且具备办公条件，能体现其主要业务活动在此开展，则可认定为主要办事机构所在地。在劳动合同履行地不明确的情况下，由用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。
二. 劳动仲裁申请流程
确定仲裁地点：根据上述管辖原则，选择适当的劳动争议仲裁委员会进行申请。
准备仲裁申请材料：包括仲裁申请书（详细写明申请人、被申请人信息，仲裁请求，事实和理由等）和证据材料（如劳动合同、工资支付记录、工作证等）。
提交申请：将准备好的材料提交至选定的仲裁委立案窗口，等待初步审查。
仲裁受理与审理：仲裁委自收到申请之日起五日内决定是否受理，并书面通知劳动者。受理后，进行送达、答辩、开庭审理等环节。
仲裁裁决：仲裁庭在审理结束后作出仲裁裁决。当事人对裁决不服的，可以在规定时间内向人民法院提起诉讼。
三. 注意事项与公司地址不一致的合法性
确保信息真实有效：提交的所有资料必须真实有效，并严格按照法律程序操作。
注意仲裁时效：提起劳动仲裁的一方应在劳动争议发生之日起一年内提出书面申请。
公司地址不一致的合法性：根据《中华人民共和国公司法》第十条和第二百一十一条第二款，公司注册地址与经营地址必须一致。若不一致且未按规定办理变更登记，公司可能会受到警告、限期办理登记、责令停业整顿、罚款甚至吊销营业执照等行政处罚。但这并不影响劳动者申请劳动仲裁的权利。
综上所述，即使公司实际经营地址和注册地址不一致，劳动者仍可根据劳动合同履行地或用人单位所在地的原则选择仲裁地点，并按照法定程序提交仲裁申请。如有进一步需要，您可以继续咨询我。