婚检不合格不会直接影响领取结婚证，同时婚检机构是否会出具不合格证明，需根据具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：

一. 婚检不合格与领取结婚证的关系

• 婚检不合格主要指的是在婚检过程中发现了某些健康问题或疾病，这些问题或疾病可能与婚育相关，如重大疾病、不孕不育、家族遗传病等。然而，婚检不合格并不直接决定能否领取结婚证。
• 根据《中华人民共和国民法典》第一千零四十九条，要求结婚的男女双方应当亲自到婚姻登记机关申请结婚登记，符合本法规定的，予以登记，发给结婚证。婚检结果并不是结婚登记的必备条件。

二. 婚检机构是否会出具不合格证明

• 婚检机构在进行婚检后，会根据检查结果给出相应的评估或建议。如果婚检中发现有不合格项，即健康问题或疾病，婚检机构可能会以书面形式告知当事人，但这并不等同于直接出具“不合格证明”。
• 婚检机构的主要职责是提供健康检查和咨询，而非对婚姻关系的合法性或适宜性做出判断。因此，即使婚检不合格，婚检机构也不会直接出具影响结婚登记的证明。

三. 实际操作中的建议

• 如果婚检结果中有不合格项，建议当事人及时咨询医生或专业医疗机构，了解具体情况并寻求相应的医疗建议或治疗。
• 对于婚姻关系的建立，除了法律上的要求外，还应考虑双方的健康状况、感情基础、家庭背景等多方面因素。因此，即使婚检合格，也不代表婚姻关系就一定能够顺利建立或维持。

综上所述，婚检不合格不会直接影响领取结婚证，同时婚检机构是否会出具不合格证明需根据具体情况而定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。