法院不能直接判决发包方将工程款支付给有独立请求权的第三人。以下是对此问题的详细分析：

一. 有独立请求权的第三人的法律地位

• 有独立请求权的第三人，是指对原告和被告之间争议的诉讼标的，认为有独立的请求权，参加到原告、被告已经开始的诉讼中进行诉讼的人。
• 在诉讼中，有独立请求权的第三人有权提出独立的诉讼请求，其地位相当于原告，但并不意味着法院可以直接判决发包方将工程款支付给该第三人。

二. 法院判决的依据

• 法院在作出判决时，必须依据原告和被告之间的诉讼请求、答辩以及提供的证据进行审理。
• 如果有独立请求权的第三人提出了独立的诉讼请求，法院需要对该请求进行审理，并根据审理结果作出相应的判决。
• 但法院不能直接判决发包方将工程款支付给有独立请求权的第三人，除非该第三人能够证明其对工程款享有合法的权益，并且该权益得到了法院的确认。

三. 工程款支付的原则

• 工程款的支付通常基于合同关系，即发包方与承包方之间的合同约定。
• 除非合同中有明确约定或法律有特别规定，否则法院不能随意改变工程款的支付对象。

四. 实际案例的考量

• 在实际案例中，如果有独立请求权的第三人主张对工程款享有权益，通常需要通过诉讼或仲裁等方式来确认其权益。
• 法院在审理过程中，会综合考虑各种证据和事实，以确定工程款的合法归属。

综上所述，法院不能直接判决发包方将工程款支付给有独立请求权的第三人。如有进一步需要，您可以继续咨询我。