施工单位不服从管理，业主不能直接扣其安全文明施工费。以下是对此问题的详细分析：

一. 业主直接扣款可能不合法

• 从法律角度来看，施工项目业主直接对施工单位进行罚款可能是不合法的。行政处罚由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施，建筑工地并不具有行政处罚权，且不是行政机关，因此建筑工地罚款不合法。
• 但如果业主与施工单位在合同中明确约定了违约责任和违约金等相关条款，且施工单位确实存在违约行为，那么业主在施工单位违约时要求其支付违约金则是合法的。

二. 业主可以采取的其他措施

1. 沟通协商：首先，业主可以尝试与施工单位进行沟通，了解他们不服从管理的原因，并尝试协商解决问题。
2. 发出书面通知：如果沟通协商无果，业主可以向施工单位发出书面通知，明确要求其遵守管理规定和要求。
3. 采取惩罚措施：如果施工单位仍然不服从管理，业主可以根据合同条款和相关法律法规采取适当的惩罚措施，如扣除工程款项、暂停施工等。但需要注意的是，这些措施必须在合同和法律框架内进行，不能随意扣款。
4. 寻求法律援助：如果上述措施均无法解决问题，业主可以寻求法律援助，通过法律途径解决争议。

三. 安全文明施工费的管理和使用

• 安全文明施工费是按照国家现行的建筑施工安全、施工现场环境与卫生标准等规定，购置和更新施工安全防护用具及设施、改善安全生产条件和作业环境等所需要的费用。
• 建设单位与施工单位应当在施工承包合同中明确安全文明施工措施费用总额、使用要求、调整方式等条款。
• 安全文明施工措施费实行专款专用，任何单位或个人不得要求施工单位先行垫付或随意扣减。

我的观点：业主在面对施工单位不服从管理的情况时，应首先通过合同约定的方式和法律途径来解决问题，而不是直接扣取安全文明施工费。如果合同中明确规定了违约责任和扣款条款，且施工单位确实存在违约行为，那么业主在符合法律法规的前提下可以采取相应的扣款措施。但无论如何，业主的行为都必须在法律框架内进行，确保合法合规。如有进一步需要，您可以继续咨询我。