施工单位安全防护不到位时，监理有权扣安全文明施工费。

首先，根据《建筑工程安全防护、文明施工措施费用及使用管理规定》，工程监理单位应当对施工单位落实安全防护、文明施工措施情况进行现场监理。对施工单位已经落实的安全防护、文明施工措施，总监理工程师或者造价工程师应当及时审查并签认所发生的费用。监理单位发现施工单位未落实施工组织设计及专项施工方案中安全防护和文明施工措施的，有权责令其立即整改；对施工单位拒不整改或未按期限要求完成整改的，工程监理单位应当及时向建设单位和建设行政主管部门报告，必要时责令其暂停施工。

从这一规定可以看出，监理单位在发现施工单位安全防护不到位时，不仅有权要求施工单位进行整改，还可以在一定情况下责令其暂停施工，这是监理单位履行其监理职责的重要体现。而扣安全文明施工费，作为对施工单位未履行安全防护义务的一种经济制裁手段，是监理单位在履行监理职责过程中可以采取的一种措施。

具体来说，如果施工单位在安全防护方面存在明显不足，且拒不整改或未按期限要求完成整改，监理单位可以依据相关规定和合同约定，扣减相应的安全文明施工费。这一措施旨在督促施工单位加强安全防护，确保施工安全，同时也是对施工单位违规行为的一种惩罚。

综上所述，施工单位安全防护不到位时，监理有权扣安全文明施工费，这是监理单位履行其监理职责、确保施工安全的重要举措。如果在实际操作中遇到相关问题，建议咨询专业律师或相关机构以获取更具体的法律意见和指导。