工程有限公司不能经营的项目主要是那些需要特定资质而公司未取得的项目，以及法律、行政法规禁止经营的项目。具体分析如下：
一. 需要特定资质而未取得的项目
涉及建筑工程的项目：根据相关规定，涉及建筑工程的项目都要求承包企业必须有相应的承包资质。如果工程有限公司没有取得相应的资质等级，就不能承揽这些工程。例如，如果公司没有建筑装修装饰工程专业承包资质，就不能从事建筑装修装饰工程的设计和施工。
其他专业领域的项目：除了建筑工程，还有一些其他专业领域的项目也需要特定的资质，如园林绿化、环保工程等。如果工程有限公司没有取得这些领域的相应资质，同样不能经营这些项目。
二. 法律、行政法规禁止经营的项目
根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，公司在经营过程中必须遵守法律、行政法规的规定。如果某项业务被法律、行政法规明确禁止，那么工程有限公司就不能经营该项目。例如，如果法律禁止某类工程的建设或施工，那么工程有限公司就不能从事这类工程的相关业务。
我的观点：工程有限公司在经营过程中，应确保自己具备从事相关业务的资质，并严格遵守法律、行政法规的规定。对于需要特定资质而未取得的项目，以及法律、行政法规禁止经营的项目，公司应坚决避免涉足，以免引发法律风险和经济损失。如有进一步需要，您可以继续咨询我。