工程两金，即投标保证金和履约保证金，可以用保函支付。具体分析如下：

一. 投标保证金和履约保证金缴纳方式的规定

• 根据《国家发展改革委等部门关于完善招标投标交易担保制度进一步降低招标投标交易成本的通知》以及后续的相关通知要求，工程建设项目招标投标活动中，招标人或其委托的招标代理机构应当接受银行、担保机构的保函、保险机构的保单等以非现金交易担保方式缴纳的投标保证金、履约保证金。
• 这意味着，投标人可以选择使用保函作为支付投标保证金和履约保证金的方式。

二. 保函支付的具体实施

• 招标人或其委托的招标代理机构应当在招标公告和招标文件中规范约定投标保证金金额或比例、收退时间等，并明确载明同时接受现金、银行或工程担保公司出具的保函、保证保险等多种方式缴纳投标保证金。
• 投标人在招标文件约定范围内，可以自行选择交易担保方式，任何单位不得排斥、限制或拒绝。

三. 电子保函的推广使用

• 按照相关政府要求，各级公共资源交易平台已陆续开通电子保函办理服务，构建起覆盖全省工程建设招标投标交易的电子保函第三方服务体系。
• 招标人或其委托的招标代理机构不得拒绝通过通道办理的电子保函（保险），这为投标人提供了更加便捷、高效的保函支付方式。

综上所述，工程两金，即投标保证金和履约保证金，完全可以用保函支付。这是符合相关政策规定和实际操作流程的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。