工程项目保证金确实可以以保函形式缴纳。这一做法在多个地区和政策文件中都得到了明确和支持。

首先，从政策层面来看，国务院办公厅、住建部以及多个地方政府都发布了相关通知和指导意见，明确推行工程保函替代现金缴纳保证金。例如，甘肃省住建厅发布的通知中明确指出，自2022年7月1日起，对投标、履约、工程质量等保证金一律要求使用工程保函，不得要求以现金方式缴纳。江西省、安徽省等地也发布了类似政策，鼓励或要求使用工程保函替代保证金。

其次，从实际操作层面来看，工程保函作为一种信用担保方式，已经被广泛应用于工程项目中。它不仅可以减轻企业的现金流压力，还可以提高资金的使用效率。银行保函、保证保险等都是常见的工程保函形式，它们可以为发包人提供与现金保证金同等的保障，同时降低承包人的资金占用成本。

此外，使用工程保函缴纳保证金还符合国际惯例和市场经济原则。在许多国家和地区，工程保函都是工程项目中常见的担保方式。它不仅可以促进市场的公平竞争，还可以提高工程项目的质量和安全性。

具体来说，工程项目中常见的可以以保函形式缴纳的保证金包括：

1. 投标保证金：用于保证投标人在投标过程中的诚信和履约能力。
2. 履约保证金：用于保证承包人在合同履行过程中的质量和进度。
3. 工程质量保证金：用于保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修。
4. 农民工工资保证金：用于保证农民工工资的按时支付。

在操作过程中，需要注意以下几点：

1. 选择合适的保函形式：根据项目需求和政策要求，选择银行保函、保证保险等合适的保函形式。
2. 确保保函的有效性：保函应由具有资质的金融机构出具，并确保保函的条款和金额符合合同要求。
3. 及时办理保函手续：在合同签订前或规定的时间内，及时办理保函手续，避免影响项目的正常进行。

综上所述，工程项目保证金可以以保函形式缴纳，这一做法既符合政策要求，又符合市场实际需求。