如果检察院决定不起诉，取保候审的保证金应当予以退还。以下是具体的分析：

一. 检察院不起诉的法律后果

1. 不起诉决定意味着刑事责任的终结：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，如果检察院认为案件证据不足或者犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪，可以作出不起诉决定。一旦检察院作出不起诉决定，就意味着犯罪嫌疑人无需再承担刑事责任，案件至此终结。
2. 取保候审的保证金应当退还：取保候审是刑事诉讼中的一项临时性措施，旨在确保犯罪嫌疑人在侦查、审查起诉阶段不逃避法律追究。当检察院决定不起诉时，取保候审的措施也应当解除，同时，犯罪嫌疑人交纳的取保候审保证金应当予以退还。

二. 取保候审保证金的退还流程

1. 保证金退还的法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》及其实施细则明确规定，当取保候审措施解除时，保证金应当退还。
2. 退还流程：通常情况下，取保候审的保证金是由公安机关负责管理的。因此，当检察院作出不起诉决定后，犯罪嫌疑人或其代理人可以向公安机关提出申请，要求退还保证金。公安机关在核实无误后，应当及时将保证金退还。

三. 特殊情况的处理

1. 保证金被没收的情况：如果犯罪嫌疑人在取保候审期间违反了相关规定，如逃匿、干扰侦查等，公安机关有权没收保证金。但在本案中，由于检察院已经决定不起诉，因此不存在保证金被没收的情况。
2. 保证金退还的延迟：在某些情况下，由于程序上的原因，保证金的退还可能会存在一定的延迟。但无论如何，公安机关都应当最终将保证金退还。

综上所述，如果检察院决定不起诉，那么取保候审的保证金应当予以退还。这是法律赋予犯罪嫌疑人的权利，也是刑事诉讼程序的一部分。如果公安机关未予退还，犯罪嫌疑人或其代理人可以依法申请退还。