手续费是由税务机关付给扣缴义务人的。具体分析如下：

一. 手续费的支付主体

• 根据《中华人民共和国个人所得税法》第十七条的规定，对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给百分之二的手续费。这里明确指出，手续费的支付主体是税务机关。

二. 手续费的性质与目的

• 手续费是税务机关为了补偿扣缴义务人因代扣代缴税款而产生的工作成本，并鼓励其积极履行扣缴义务而支付的一种报酬。
• 这部分费用具有特定的法律性质和用途，旨在提高税收征管效率，确保税款的准确、及时缴纳。

三. 手续费的申请与领取

• 扣缴义务人需要在规定的时间内（通常为每年的1月1日至3月31日）向税务机关申请上一年度的手续费退付。
• 申请流程包括登录自然人电子税务局（扣缴端），核对并确认手续费金额，选择接受手续费的银行账户，并提交申请等待税务局审核到账。

综上所述，手续费是由税务机关根据扣缴义务人实际扣缴的税款金额，按照一定比例（通常为2%）支付给扣缴义务人的。这一政策旨在鼓励扣缴义务人积极履行扣缴职责，提高税收征管效率。