如果检察院有对犯罪嫌疑人有利的证据但拒不提交，法院在审判过程中若发现此情况，且该证据对案件判决有重大影响，可能会导致判决结果对被告人不利，被告人及其辩护律师可以依法提出申诉或请求法院调取该证据。具体分析如下：

一. 检察院的证据提交义务

1. 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，人民检察院在审查案件时，必须查明犯罪事实、情节是否清楚，证据是否确实、充分。这表明，检察院有义务全面、客观地审查案件证据，包括对犯罪嫌疑人有利的证据。
2. 检察院在审查案件过程中，若发现对犯罪嫌疑人有利的证据，应当依法提交，以确保案件的公正审理。

二. 法院的处理方式

1. 法院的调查权：在审判过程中，法院若发现检察院未提交对犯罪嫌疑人有利的证据，且该证据对案件判决有重大影响，法院有权要求检察院提交该证据。
2. 申诉与请求调取证据：若检察院拒不提交，被告人及其辩护律师可以依法向法院提出申诉，请求法院调取该证据。法院在收到申诉后，应当进行审查，并根据案件情况决定是否调取该证据。
3. 判决的影响：若法院在审判过程中发现检察院确实存在拒不提交对犯罪嫌疑人有利的证据的情况，且该证据足以影响案件的判决结果，法院可能会因此作出对被告人有利的判决，或者将案件发回检察院重新审查。

三. 法律保障

1. 《中华人民共和国刑事诉讼法》保障了被告人及其辩护律师的合法权益，包括申请调取对被告人有利的证据的权利。
2. 若检察院拒不提交对犯罪嫌疑人有利的证据，且因此导致判决结果对被告人不利，被告人及其辩护律师可以依法提出上诉或申诉，要求纠正错误判决。

我建议，在实际操作中，若遇到检察院拒不提交对犯罪嫌疑人有利的证据的情况，被告人及其辩护律师应当及时与法院沟通，提出申诉或请求调取证据，以确保案件的公正审理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。