健康证过不了通常不会留案底。案底一般指的是犯罪记录，即个人因违法犯罪行为而被司法机关记录在案的资料。而健康证过不了，往往只是表明个人在某一时刻的健康状况或某些特定健康指标不符合从事某些工作或活动的标准，这并不构成违法犯罪行为。

具体来说，如果个人在申请健康证时因某些健康原因未能通过，这通常只会影响个人从事某些需要健康证的工作或活动，比如餐饮服务、公共卫生服务等。在这种情况下，相关部门可能会要求个人进行进一步的治疗或复查，或者限制个人从事某些工作或活动，但并不会将此事记录为案底。

当然，如果个人在申请健康证过程中存在伪造、变造健康证明等违法行为，那么这种行为可能会受到法律的制裁，并可能因此留下犯罪记录。但这与健康证过不了本身并不是同一回事，需要明确区分。

总的来说，健康证过不了通常不会留案底，但可能会影响个人从事某些工作或活动。如果个人对此有疑虑或担忧，可以咨询相关部门或专业人士以获取更准确的信息和建议。