健康证拘留通常不会留下案底。下面我来详细解释这个问题：

1. 健康证与拘留的关系：

   • 健康证是证明个人健康状况的证件，通常用于食品、公共卫生等行业从业人员的健康检查。
   • 拘留是一种法律强制措施，通常用于对违反法律法规的人员进行短时间的扣留。

2. 案底的含义：

   • 案底通常指的是个人在司法机关（如公安、法院等）留下的犯罪记录或违法记录。

3. 健康证拘留是否留案底：

   • 如果因未办理健康证或健康证过期等问题被相关部门拘留，这种拘留通常属于行政拘留，且拘留时间较短。
   • 行政拘留不同于刑事处分，它不会在个人档案中留下犯罪记录，即不会留下通常所说的“案底”。
   • 但需要注意的是，虽然不会留下案底，但相关记录可能会在公安机关内部留存，用于后续的管理或查询。

4. 特殊情况：

   • 如果在办理健康证或相关事项过程中，涉及到了其他违法行为（如伪造健康证、拒不配合执法等），并因此被刑事处分，那么这种情况下就会留下案底。

综上所述，健康证拘留通常不会留下案底，但相关记录可能会在公安机关内部留存。如果对此类问题还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。