当法院审查劳动仲裁并发现已经超过诉讼时效时，处理方式主要依据相关法律法规及具体案情而定。以下是对此问题的详细解答：
一、劳动仲裁超过诉讼时效的法律后果
仲裁机构的处理：
- 如果当事人的仲裁申请确实超过了法定的六十日期限（或根据当地法律规定的其他期限），仲裁机构通常会作出不予受理的书面裁决、决定或者通知。
法院的处理：
- 当事人不服仲裁机构的不予受理决定，依法向人民法院起诉的，人民法院应当受理。
- 在审理过程中，如果法院确认仲裁申请确已超过时效，且当事人没有提出不可抗力或其他正当理由，法院将依法驳回其诉讼请求。
二、应对劳动仲裁超过诉讼时效的策略
了解时效中断、中止情况：
- 时效中断：在时效期间内，因当事人一方向对方主张权利、向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，时效期间重新计算。
- 时效中止：因不可抗力或者其他正当理由，当事人不能在规定的时效期间内申请仲裁的，时效中止。从中止时效的原因消除之日起，时效期间继续计算。
积极主张权利：
- 即使超过时效，当事人仍然可以尝试与对方协商，寻求和解或重新达成协议。
- 当事人也可以考虑向法院起诉，虽然可能面临被驳回的风险，但如果对方未提出时效抗辩，法院将审理实体问题。
准备充分的证据：
- 在起诉前，当事人应尽可能收集并整理与劳动关系相关的证据，如劳动合同、工资单、社保缴费证明等，以支持自己的主张。
寻求专业法律帮助：
- 面对复杂的法律问题，当事人可以寻求律师或法律援助机构的帮助，以获取更专业的法律建议和支持。
三、总结
劳动仲裁超过诉讼时效并不意味着当事人完全丧失了维权的机会。通过了解时效中断、中止的情况，积极主张权利，并准备充分的证据，当事人仍然有可能通过协商、诉讼等方式维护自己的合法权益。同时，寻求专业法律帮助也是提高维权成功率的重要途径。