公安机关对检察院以情节轻微不诉的犯罪嫌疑人的非法所得不可以直接没收。下面我将从法律角度详细解释这一结论：

1. 检察院的不起诉决定：

   • 当检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚时，可以作出不起诉的决定。
   • 这一决定意味着，在检察院看来，犯罪嫌疑人虽然可能涉嫌犯罪，但因其情节轻微，不需要通过刑事诉讼程序来追究其刑事责任。

2. 非法所得的处理：

   • 非法所得，即犯罪嫌疑人通过违法手段获得的财物或利益。
   • 对于非法所得的处理，通常需要依据相关的法律程序进行，如通过刑事诉讼程序中的判决来确定其归属和处理方式。
   • 然而，在检察院已经作出不起诉决定的情况下，意味着刑事诉讼程序并未正式启动或已经终止，因此公安机关无法直接依据刑事诉讼程序来没收非法所得。

3. 法律程序的要求：

   • 任何对公民财产的没收或处罚，都必须严格依照法律程序进行，以确保公民的合法权益不受侵犯。
   • 在没有法律依据或法律程序的情况下，公安机关不能擅自对犯罪嫌疑人的非法所得进行没收。

综上所述，公安机关对检察院以情节轻微不诉的犯罪嫌疑人的非法所得，不可以直接进行没收。如果需要对非法所得进行处理，应当通过合法的法律程序来进行，如通过民事诉讼、行政处罚等途径来追缴或没收。如果你对此类问题有进一步的疑问或需要更详细的法律咨询，请直接向我提问。