在小区业委会不同意动用消防应急维修资金的情况下，物业公司可以采取以下措施：

首先，物业公司应当立即采取紧急处置措施，开展应急维修，以消除消防设施设备的功能故障和重大安全隐患。这是基于《深圳市物业专项维修资金管理规定》等相关法规的规定，即消防设施设备出现功能故障，存在重大安全隐患时，物业企业有责任立即消除安全隐患，并可以申请应急使用物业专项维修资金。

接下来，物业公司需要告知业主委员会相关维修事项和紧急情形，并书面告知物业管理区域所在地的区住房和建设部门以及街道办事处。这是为了确保维修工作的透明度和合法性，同时让相关部门了解并监督维修资金的使用情况。

如果业委会无正当理由不对维修事项和紧急情形予以确认，那么所在地街道办事处可以据实代为确认。这意味着，即使业委会不同意，物业公司仍然可以通过街道办事处的确认来动用应急维修资金。

此外，值得注意的是，这种应急情况下的维修不需要业主表决。因为消防设施设备的功能故障和重大安全隐患已经构成了紧急情况，物业企业有权采取紧急措施进行维修，以确保小区居民的生命财产安全。

综上所述，即使小区业委会不同意动用消防应急维修资金，物业公司仍然有责任和义务立即采取紧急处置措施进行维修，并可以通过告知相关部门和申请街道办事处代为确认的方式来确保维修工作的顺利进行。如果在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。