甲方指定分包的工程通常需由总包管理。以下是具体的分析：

一. 法律依据与解析

1. 总包与分包的关系：根据《中华人民共和国建筑法》第二十九条，建筑工程总承包单位可以将承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位。这表明，分包是总承包单位的一种权利，但分包单位的选择和分包工程的实施需遵循法律规定和合同约定。
2. 分包需经建设单位认可：除总承包合同中约定的分包外，分包必须经建设单位认可。这意味着，甲方（通常指建设单位）在指定分包单位时，其指定需符合总承包合同的约定，并需得到建设单位的正式认可。
3. 总包对分包的管理责任：分包单位按照分包合同的约定对总承包单位负责。这表明，在分包工程中，总承包单位对分包单位承担一定的管理责任，确保分包工程的质量和进度符合整体工程的要求。
4. 连带责任：总承包单位和分包单位就分包工程对建设单位承担连带责任。这进一步强调了总承包单位在分包工程中的管理责任，以及其对分包工程质量、进度等方面的把控。

二. 实际运作中的理解

• 在实际工程建设中，甲方指定分包单位后，通常会要求总承包单位对分包单位进行管理和协调，以确保分包工程与整体工程的顺利衔接和高质量完成。这种管理方式有助于维护工程的整体性和统一性，避免因分包单位管理不善而导致的工程质量问题或进度延误。

综上所述，甲方指定分包的工程通常由总包进行管理，这是基于法律规定、合同约定以及实际运作中的需要。如有进一步需要，您可以继续咨询我。