在建设工程领域，甲方指定分包但未通过总包的情况下，监理单位是否应进行管理，这主要取决于具体的合同约定、相关法律法规以及工程管理的实际需要。以下从几个角度进行分析：
合同约定角度：
- 如果甲方与总包之间的主合同，以及甲方与指定分包之间的分包合同中，均明确规定了监理单位对指定分包的管理职责和权限，那么监理单位应当按照合同约定进行管理。
- 若合同中未明确提及监理单位对指定分包的管理，但根据合同的整体解释和工程管理的常规做法，可以合理推断监理单位应承担一定的管理责任，那么监理单位也应根据实际情况进行适当管理。
法律法规角度：
- 根据《建设工程质量管理条例》等相关法律法规，监理单位在建设工程中承担着对工程质量、进度、安全等方面的监督和管理职责。这通常包括对所有参与工程建设的单位（包括总包和分包）进行统一管理和协调。
- 因此，即使甲方指定了分包且未通过总包，监理单位仍可能根据法律法规的要求，对指定分包进行必要的管理和监督，以确保工程质量和安全。
工程管理实际需要角度：
- 在实际工程管理中，监理单位作为独立的第三方，通常负责协调各方之间的关系，确保工程顺利进行。如果甲方指定的分包单位未通过总包，可能会导致工程管理上的混乱和沟通障碍。
- 为了维护工程管理的秩序和效率，监理单位可能会主动介入，对指定分包进行一定程度的管理和协调，以确保工程目标的顺利实现。
法律建议：
- 对于甲方而言，在指定分包时，应充分考虑总包和监理单位的意见和协调需求，确保分包单位的选定和管理符合合同约定和法律法规要求。
- 对于总包而言，如果甲方指定了分包且未通过总包，总包应积极与甲方和监理单位沟通，明确各自的管理职责和权限，避免管理上的空白和冲突。
- 对于监理单位而言，在面对甲方指定分包且未通过总包的情况时，应仔细审查合同约定和法律法规要求，根据实际情况确定自己的管理职责和权限，并积极履行管理职责，确保工程质量和安全。
可能后果：
- 如果监理单位未按照合同约定或法律法规要求对指定分包进行管理，可能会导致工程质量问题、安全事故或工程进度延误等后果。
- 在这种情况下，监理单位可能需要承担相应的法律责任，包括但不限于行政处罚、民事赔偿等。
综上所述，监理单位在面对甲方指定分包且未通过总包的情况时，应根据合同约定、法律法规以及工程管理的实际需要来确定自己的管理职责和权限，并积极履行管理职责以确保工程顺利进行。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。