是的，刑法也保护犯罪嫌疑人的合法权益。

一. 刑法保护犯罪嫌疑人的合法权益

1. 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，犯罪嫌疑人在刑事诉讼过程中享有一系列权利，如辩护权、申诉权、控告权等。这些权利的设置，正是为了保障犯罪嫌疑人在刑事诉讼中的合法权益不受侵犯。
2. 实际体现：在刑事诉讼中，无论犯罪嫌疑人是否最终被判定有罪，其合法权益都应得到保护。例如，犯罪嫌疑人有权委托律师进行辩护，以确保其在诉讼过程中的权益得到充分维护。同时，对于侦查机关、检察机关和审判机关的违法行为，犯罪嫌疑人有权进行申诉或控告，以维护自己的合法权益。

二. 刑法与犯罪嫌疑人权益的关系

1. 刑法的目的：刑法不仅是为了惩罚犯罪，更是为了保障人权。在惩罚犯罪的同时，必须严格遵守法律程序，确保犯罪嫌疑人的合法权益不受侵犯。
2. 犯罪嫌疑人的地位：在刑事诉讼中，犯罪嫌疑人虽然涉嫌犯罪，但其仍然享有作为人的基本权利和尊严。刑法通过规定一系列诉讼原则和制度，如无罪推定、证据裁判等，来保障犯罪嫌疑人的合法权益。

综上所述，刑法确实保护犯罪嫌疑人的合法权益。在刑事诉讼过程中，犯罪嫌疑人的权益应得到充分尊重和保障，以确保诉讼的公正性和合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。