合作研发合同的备案责任通常取决于具体的法律法规、政策要求以及合同双方的约定。从您提供的参考信息中，可以归纳出以下几点关于合作研发合同备案的通用原则：
一、备案责任的一般原则
法律法规与政策要求：
- 不同的地区和行业可能有不同的法律法规和政策要求，规定合作研发合同必须备案的机构或部门。
- 例如，在某些地区，如玉环市，科技局要求产学研合作项目签订的技术开发合同在签订后一个月内报送市科技局备案。
合同双方的约定：
- 合同双方可以在合同中明确约定备案的责任方、备案的机构或部门以及备案的时间要求。
- 如果没有明确的约定，通常需要双方协商确定，或者根据行业惯例和当地政策要求来决定。
二、具体备案责任分析
玉环市产学研合作项目：
- 根据玉环市科技局发布的通知，项目签订的技术开发合同（协议）一般应在签订后的一个月内报送市科技局备案。
- 这表明在玉环市，合作研发合同的备案责任主要由合同的签订方（通常是企业与高校、科研院所等）承担，并需向市科技局提交备案材料。
专利实施许可合同：
- 对于专利实施许可合同，根据《专利法实施细则》和《专利实施许可合同备案办法》的规定，当事人（许可人和被许可人）应当在合同生效之日起3个月内到国家知识产权局指定的部门办理备案手续。
- 在这种情况下，备案责任由合同的双方共同承担，且需向国家知识产权局或其指定的部门提交备案申请。
三、建议与注意事项
了解当地政策与法规：
- 在签订合作研发合同前，建议双方详细了解当地关于合同备案的政策要求和法规规定，以确保合同的合法性和有效性。
明确备案责任与义务：
- 在合同中明确约定备案的责任方、备案的机构或部门、备案的时间要求以及相关的费用承担等事项，以避免后续产生纠纷。
及时办理备案手续：
- 按照政策要求和合同约定，及时办理合同备案手续，以确保合同的权益得到保障。
关注备案结果与反馈：
- 在提交备案申请后，密切关注备案机构的审核意见和反馈结果，如有需要，及时补充或修改备案材料。
综上所述，合作研发合同的备案责任通常取决于具体的法律法规、政策要求以及合同双方的约定。在签订合同时，建议双方明确约定备案的相关事项，并及时办理备案手续以确保合同的合法性和有效性。