机关事业单位工作人员在职被判刑与不在职（即已退休）判刑的社保处理确实存在区别，具体处理原则如下：

一、在职期间被判刑的社保处理

1. 养老保险：

   • 判刑期间：
     • 服刑期间不缴纳养老保险费，也不计算缴费年限。
     • 若受到开除处分，服刑前的工作年限不能视同缴费年限。
   • 刑满释放后：
     • 若被开除公职，可以灵活就业人员身份继续参加城镇职工基本养老保险，之前实际缴费年限（不含视同缴费年限）与刑满后的缴费年限合并计算。
     • 若未被开除公职并重新恢复工作，判刑前的实际缴费年限与重新工作后的缴费年限合并计算。

2. 医疗保险：

   • 判刑期间：服刑期间不再享受基本医疗保险待遇，医疗费用由个人承担。
   • 刑满释放后：根据是否被开除公职以及是否重新恢复工作，按相应规定继续参加医疗保险或享受医保待遇。

二、已退休人员被判刑的社保处理

1. 养老保险：

   • 判刑期间：服刑期间停发基本养老金。
   • 刑满释放后：
     • 若仍享有政治权利，按服刑前的标准继续发给基本养老金，并参与以后的基本养老金调整。
     • 若被剥夺政治权利，基本养老金将按降低后的标准发放；恢复政治权利时，养老金待遇恢复到服刑前水平。

2. 医疗保险：

   • 判刑期间：医保待遇暂停，医疗费用无法通过医保报销。
   • 刑满释放后：医保待遇恢复，可按规定继续享受退休人员的医保待遇。

三、共同注意事项

• 缴费年限和个人账户储存额：无论在职还是退休，判刑前已缴纳的社保年限和个人账户储存额均予以保留。服刑期满后重新就业或参保，缴费年限前后合并计算，个人账户储存额累计计算。
• 去世情况处理：若在退休前或服刑期间去世，个人账户储存额中的个人缴费部分将本息一次性支付给法定继承人或指定受益人。

综上所述，机关事业单位工作人员在职被判刑与不在职判刑的社保处理存在明显区别，主要体现在服刑期间及刑满释放后的具体政策规定上。如需更具体的法律建议或咨询，请咨询专业律师或社保机构。