针对您提出的“医院违规承包科室行为自行中止两年后怎么处理”的问题，以下是我的详细解答：

首先，医院违规承包科室行为自行中止两年后，仍然需要依据相关法律法规进行妥善处理。

1. 法律责任追究：

   • 虽然违规行为已经自行中止两年，但并不意味着医院可以逃避法律责任。相关监管部门仍有可能对医院的违规行为进行调查，并根据调查结果追究医院的法律责任，包括但不限于行政处罚、罚款等。

2. 内部整改与规范：

   • 医院应借此机会进行内部整改，完善管理制度，确保不再发生类似违规行为。同时，医院应加强对科室承包行为的监管，确保所有承包行为都符合法律法规的要求。

3. 合规性审查：

   • 医院应组织专业团队对现有的承包科室进行全面的合规性审查，确保所有承包科室都符合相关法律法规和医院内部规定。对于发现的问题，应及时进行整改和纠正。

4. 加强员工培训：

   • 医院应加强对员工的法律法规培训，提高员工的法律意识和合规意识。特别是与科室承包相关的管理人员和工作人员，应确保他们充分了解并遵守相关法律法规和医院内部规定。

5. 配合调查与积极应对：

   • 如果相关监管部门对医院的违规行为进行调查，医院应积极配合调查，提供必要的证据和材料。同时，医院应积极应对调查结果，采取必要的措施进行整改和纠正。

综上所述，医院违规承包科室行为自行中止两年后，仍然需要依据相关法律法规进行妥善处理。医院应借此机会进行内部整改、加强合规性审查、加强员工培训，并积极配合监管部门的调查与应对。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。