在双方土地纠纷中，若一方存在违法行为，处理流程不仅涉及纠纷的常规解决步骤，还需特别考虑违法行为的法律后果。以下是一个详细、有深度的解答：
一、初步处理与证据收集
协商解决：
- 双方应首先尝试在平等、自愿、合法的基础上，通过协商解决土地纠纷。
- 协商过程中，应明确土地归属、使用等核心问题，并尝试达成统一意见。
证据收集：
- 在整个处理过程中，双方都应注重收集和保留能证明自身权益和对方违法行为的证据。
- 证据包括但不限于土地权属证明（如土地承包经营权证、宅基地使用证等）、合同协议、土地边界的照片或视频、双方沟通记录等。
二、寻求政府或法律帮助
政府处理：
- 若协商不成，双方可寻求乡级或县级以上政府的帮助。
- 政府将依据相关法律法规，结合实际情况进行调查和调解。
法律途径：
- 若对政府处理决定不满，或认为对方违法行为严重，可在接到处理决定通知的30天内向人民法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，双方需提交充分的证据来支持自己的主张。
三、特别考虑违法行为的处理
法律责任：
- 若一方在土地纠纷中存在违法行为（如侵占他人土地、破坏土地设施等），除承担民事责任外，还可能面临行政处罚或刑事责任。
- 违法行为的具体法律后果需根据违法行为的性质、情节以及相关法律法规来确定。
举报与查处：
- 发现对方存在违法行为时，可向相关部门（如土地管理部门、公安机关等）进行举报。
- 相关部门将依法对举报进行调查，并根据调查结果作出相应的处理决定。
四、后续事宜与注意事项
土地边界确认：
- 土地纠纷解决后，双方应共同确认土地边界，并可能需要重新标记以避免未来再次发生纠纷。
损害赔偿：
- 若纠纷期间造成土地损害，责任方应承担恢复原状或进行经济赔偿的责任。具体赔偿方式需双方协商或依据法院判决来确定。
法律咨询：
- 在整个处理过程中，双方均可寻求专业法律咨询以确保自身权益得到充分保护。
综上所述，处理双方土地纠纷中的违法行为需综合考虑协商、政府处理、法律途径以及特别考虑违法行为的处理等多个方面。双方应保持冷静、理性对待纠纷，并依法维护自身权益。