当合作公司由总公司变为分公司时，这通常涉及到公司组织结构的调整，以及可能伴随的法律和合同问题。以下是我对此情况的一些建议和分析：

1. 明确变更性质与影响：

   • 首先，需要明确这种变更的具体性质，是简单的组织架构调整，还是涉及到股权、资产、业务等方面的重大重组。
   • 分析这种变更对双方合作的具体影响，包括但不限于合同效力、权利义务、业务连续性等。

2. 审查合同条款：

   • 仔细审查与合作公司签订的所有合同，特别是关于公司结构变更、合同终止、违约责任等方面的条款。
   • 如果合同中有关于公司结构变更时的特别约定，应严格按照约定执行。

3. 评估法律风险：

   • 评估合作公司变为分公司后，是否会对双方的合作产生法律风险，如债权债务关系的变化、合同履行能力的下降等。
   • 如有必要，可寻求专业法律意见，以便及时采取风险防控措施。

4. 沟通与协商：

   • 与合作公司进行深入沟通，了解其变更的详细情况和原因，以及这种变更对双方合作的具体影响。
   • 在充分沟通的基础上，双方可协商调整合作方式、修改合同条款或采取其他补救措施，以确保合作的顺利进行。

5. 关注后续事宜：

   • 在合作公司变为分公司后，持续关注其运营状况、合同履行情况以及可能产生的新的法律问题。
   • 如发现任何异常情况或潜在风险，应及时与合作公司沟通并寻求解决方案。

综上所述，当合作公司由总公司变为分公司时，应全面评估这种变更对双方合作的影响，并采取相应的法律措施来确保合作的稳定性和连续性。如有任何具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。