申请工伤认定后，所有提交的材料主要由社会保险行政部门进行管理。以下是详细解释：

首先，在申请工伤认定的过程中，申请人需要向社会保险行政部门提交一系列材料，包括工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系的证明材料、医疗诊断证明等。这些材料是工伤认定申请的重要组成部分，也是社会保险行政部门进行工伤认定的依据。

其次，社会保险行政部门在收到申请材料后，会进行严格的审核和调查核实。他们会对申请人提供的证据进行调查，包括进入有关单位和事故现场、查阅与工伤认定有关的资料、询问有关人员并作出调查笔录等。这些工作都是为了确保工伤认定的客观公正和准确性。

在工伤认定结束后，社会保险行政部门会将工伤认定的有关资料保存起来。根据《工伤认定办法》的规定，这些资料需要保存50年。这意味着，在工伤认定过程中提交的所有材料，包括申请表、证明材料、调查笔录等，都将由社会保险行政部门进行长期保存和管理。

因此，申请工伤认定后，所有提交的材料主要由社会保险行政部门负责管理。他们会对这些材料进行审核、调查核实，并在工伤认定结束后进行长期保存。如果申请人或用人单位对工伤认定决定有异议，他们可以通过法律途径进行申诉或复议，但在这期间，提交的材料仍然由社会保险行政部门进行管理。