关于医疗机构存在违章建筑的处理方式，首先我们要明确的是，违章建筑是指未取得建设工程规划许可证或未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的建筑物或构筑物。对于这种情况，处理方式通常涉及以下几个方面：

1. 法律责任：

   • 医疗机构作为建筑物的使用者或所有者，若其建筑被认定为违章建筑，可能面临相应的法律责任，包括但不限于罚款、拆除违章建筑、恢复原状等。
   • 若违章建筑的建设或存在对他人造成了损害，医疗机构还可能需承担民事赔偿责任。

2. 行政程序：

   • 相关部门（如城乡规划主管部门）在发现违章建筑后，会进行调查取证，并依法作出处理决定。
   • 医疗机构在收到处理决定后，应按要求进行整改，如拆除违章建筑或补办相关手续。
   • 若对处理决定不服，医疗机构有权依法申请行政复议或提起行政诉讼。

3. 合规建议：

   • 医疗机构应加强对建筑合规性的审查，确保所有建筑均符合相关法律法规的规定。
   • 在进行建筑改造或扩建时，应提前咨询相关部门，确保项目的合法性和合规性。
   • 建立完善的建筑管理制度，定期对建筑进行合规性检查，及时发现并处理潜在问题。

综上所述，医疗机构存在违章建筑时，应积极配合相关部门的调查和处理，同时加强自身的合规管理，确保建筑的合法性和安全性。若在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。